மேற்கு தொடர்ச்சி மலைப்பகுதியில் உற்பத்தியாகி, கடலில் சங்கமிக்கும் வரை வழிநெடுகிலும் உள்ள மக்களுக்கு குடிநீர் தேவையையும், விவசாயத்திற்கான தண்ணீரையும் கொடுத்து வரும் வைகை ஆறு பல இடங்களில் மாசுபடுத்தப்படுகிறது.பெரியார் அணையில் இருந்து சுருளியாறு மூலம் வைகை அணைக்கு வரும் தண்ணீரில் உத்தமபாளையம், சின்னமனூர், வீரபாண்டி, தேனியிலும் கழிவு நீர் அதிகம் சேர்கிறது.

வைகை அணையில் இருந்து வெளியேறும் தண்ணீருடன் சேரும் மஞ்சளாறு, வராகநதியில் வத்தலக்குண்டு மற்றும் பெரியகுளம் பகுதியில் இருந்து வரும் கழிவுகளும் வைகையில் சங்கமிக்கின்றன. வைகையின் துணை ஆறுகளில்

மதுரையில் ஒரு நாள் 86.4 மில்லியன் கழிவுநீர் வெளியேறுகிறது. 56.4 மில்லியன் லிட்டர் சேமிக்கும் வசதி உள்ளது. 31 மில்லியன் லிட்டர் பம்ப் செய்யப்படுகிறது. மீதம் உள்ள தண்ணீர் வாய்க்கால்கள் மூலம் வைகையில் சேர்கிறது.வைகையில் சேரும் கழிவுகள் குறித்து ஒரு ஆய்வு அறிக்கையில் தினமும் 98 லட்சம் லிட்டர் சாக்கடைநீர், 5 லட்சம் லிட்டர் மருத்துவ கழிவுநீர், 20 லட்சம் லிட்டர் குளிக்கும் நீர், 1 டன் குப்பைகள் கொட்டப்படுவதாக அந்தஅறிக்கை எச்சரிக்கை செய்துள்ளது. ஒவ்வொரு நகருக்கும் வழங்கப்படும் குடிநீரில் 80 சதவீதம் கழிவுநீராக வெளியேறும் என, மத்திய சுகாதாரம் மற்றும் சுற்றுச்சூழல் பொறியியல் நிறுவனம் தெரிவிக்கிறது. அதன்படி மதுரையில் வழங்கப்படும் 115 - 125 எம்.எல்.டி., நீரில் 100 எம்.எல்.டி., வரை கழிவுநீராக வெளியேறும் என கண்டறியப்பட்டுள்ளது.

மதுரை நகரை கடக்கும் வைகை தண்ணீர் விரகனூர் மதகு அணைக்கட்டில் தடுக்கப்படுகிறது. இங்கிருந்து இரு பாசனக் கால்வாய்கள் மூலம் சிவகங்கை மாவட்டத்திற்கு விவசாயத்திற்கு அனுப்பப்படுகிறது. விரகனூர் அணைக்கட்டு தற்போது சாக்கடை அணைக்கட்டாக மாறியுள்ளது. இங்கு எப்போதும் மதுரையின் தண்ணீர் தேங்கி நிற்பதால் துர்நாற்றம் வீசி, சுகாதாரக்கேடான பகுதியாக மாறியுள்ளது. விரகனூர் அணையை தாண்டி திருப்புவனத்திலும் வைகையில் கழிவுநீர் சேர்கிறது. அதன் பின் பயணிக்கும் வைகையில் கழிவுநீர் அதிகம் சேராமல் சுத்தமாக செல்கிறது.வைகையில் கழிவுநீர் சேராதவகையில் கட்டமைப்புகளை உள்ளாட்சி அமைப்புகள் ஏற்படுத்தியும், தவிர்க்க முடியாத பட்சத்தில் கழிவுநீரை முழுமையாக சுத்திரிப்பு செய்து நீர்நிலைகளில் விடும்

எந்த பட்டியலில் வைகை தமிழகத்தில் உள்ள ஆறுகள் அழிந்த ஆறு, அழிந்து கொண்டிருக்கும் ஆறு என இரு வகையாக பிரிக்கப்பட்டுள்ளது. ஆறுகளின் அழிவு என்பது மாசுபடுதல் மற்றும் மணல் கொள்ளையை வைத்து முடிவு செய்யப்படுகிறது. அந்த வகையில் அழிந்த ஆறுகளாக கூவம், காவிரி, நொய்யல், பாலாறு, பவானியுடன் வைகையும் இணைந்து விட்டது.

சுகாதாரக் கோயில்

கோயில் நகரமான மதுரையில் ஆங்கிலேயர் ஆட்சியில் சுகாதாரத்திற்கு பெரும் முக்கியத்துவம் கொடுக்கப்பட்டது. தண்ணீர் வழங்கும் திட்டங்களுக்கு இணையாக கழிவுநீரை சேகரித்து மறு பயன்பாடு செய்யும் திட்டங்கள் நடைமுறைப்படுத்தப்பட்டது. இதனால் அவர்கள் ஆட்சியின் போது ஒரு சொட்டு கழிவுநீர் கூட வைகையில் சேரவில்லை.1924ல் சந்தைப்பேட்டையில் தலைமை நீரேற்று நிலையம் அமைக்கப்பட்டு, மதுரை நகரின் அனைத்து கழிவுநீரும் வெளியேற்றப்பட்டது. மின்பயன்பாடு இல்லாத அந்த காலத்தில், நீரேற்று நிலையத்தின் மோட்டாரை இயக்குவதற்காக 100 அடி உயரத்தில் நிலக்கரி சிம்னி அமைத்து, அதன் மூலம் கிடைத்த மின்சக்தி மூலம் மோட்டார் இயக்கும் நடைமுறையை அமல்படுத்தினர். இங்கு சேகரிக்கப்படும் கழிவுநீர் 7 கி.மீ., தூரத்தில் அவனியாபுரம் கழிவுநீர் பண்ணைக்கு எடுத்துச் செல்லப்பட்டது. அங்கு அவை சுத்திகரிப்பிற்கு பின், புல் பண்ணைகளுக்கு பயன்படுத்தப்பட்டது.

1946ல் வரும் அதிகபட்ச மக்கள் தொகை (2.4 லட்சம்) கணக்கில் கொண்டு, தொலை நோக்கு பார்வையில் இந்த திட்டத்தை அவர்கள் உருவாக்கினர். 87 ஆண்டுகளை கடந்தும் இன்றும் அந்த திட்டம் செயல்பாட்டில் உள்ளது. தற்போது மதுரையில் புதிதாக பல நீரேற்று நிலையங்கள் உருவாகியும், அதன் உபரி நீர் வைகையில் திருப்பி விடப்பட்டுள்ளது தான் கவலைக்குரியது.